Melanjutkan petualangan sebelumnya, 4 sahabat yaitu, Alex (Ben Stiller), Marty (Chris Rock), Melman (David Schwimmer) dan Gloria (Jada Pinkett Smith), bersama 4 penguin mereka menaiki pesawat pesawat dalam usahanya kembali ke New York. Namun dalam perjalanan, pesawat yang mereka tumpangi mengalami kerusakan dan terjatuh di benua Afrika.

Sembari menunggu para pinguin membetulkan pesawat, keempat sahabat tersebut mencari pertolongan. Mereka terkaget begitu mengetahui mereka berada di alam bebas, dengan sekelompok hewan yang sama. Mereka mulai mendekati komunitas hewan di habitat tersebut dan bertemu dengan pimpinannya, Zuba (Bernie Mac), yang ternyata ayah kandung Alex.

Alex begitu bahagia bisa berkumpul kembali bersama keluarganya yang telah bertahun-tahun hilang. Sedangkan Marty bisa mendapatkan banyak teman yang mirip dengannya. Gloria disukai oleh kuda nil jantan bernama Moto-Moto. Sementara Melman diangkat sebagai dukun para jerapah.