Film 28 Weeks Later bercerita, 28 minggu setelah kejadian di Film sebelumnya (28 Days Later), Kota London kembali aman setelah dibantu oleh Angkatan Bersenjata Amerika Serikat, Inggris berhasil melawan virus ini. Selama enam bulan virus tersebut mengganas dan membinasakan sebagian besar warga Inggris. Inggris pun kembali merekonstruksi negaranya. Penduduk yang selamat dari virus lalu masuk kembali ke kota London.

Sebagai gelombang pengungsi pertama yang masuk adalah Don (Robert Carlyle), dan teman wanitanya Scarlett (Rose Byrne). Sementara itu 2 anak Don yaitu Tammy dan Andy, dapat kembali dapat bertemu dengan ayahnya. Namun masalah kembali muncul ketika Tammy dan Andy mendapati bahwa ibunya Alice yang mereka kira sudah tewas, masih hidup. Karena Alice ternyata masih terifeksi. Tim dokter tidak sepakat, apakah Alice harus dibunuh atau diselamatkan. Sementara Alice sendiri mulai menularkan virus itu ke suaminya Don. Dan bencana itu kembali terjadi.